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公司機關設置辦公室、黨委工作部、董事會辦公室、規劃發展部、人力資源部、資產財務部、投融資管理部、工程管理部、經營管理部、法務審計部、安全監管部、紀檢監察部12個部門及巡察辦，下設云南交通發展資本管理有限責任公司、云南交發項目管理有限公司、云南交發投資開發經營有限公司、云南交發公路工程有限公司、云南交發元創交通工程技術咨詢有限公司、云南公路建設監理有限公司6個二級子公司。
